Moctar Toure a travaillé comme chercheur principal au CIRAT (Institut Français de Recherche en Agronomie Tropicale). En 1981, il est nommé Directeur des Recherches Agricoles et Agro-industrielles au Ministère de la Recherche Scientifique et Technique. Directeur Scientifique en 1985, puis Directeur Général en 1987, il devient Secrétaire Exécutif du Programme de Renforcement des capacités des Instituts de Recherches Agricoles en Afrique (SPAAR) en 1989. Il a occupé plusieurs postes au sein de la Banque et du Fond Mondial pour l’Environnement (GEF). Parmi la communauté scientifique internationale, il a été membre de Conseils d’Administration d’Institutions Internationales de Recherches Agricoles, ainsi que de Comités Scientifiques et Techniques dédiés à la Science et la Technologie. Membre fondateur de l’Académie Nationale des Sciences et Techniques du Sénégal (ANSTS) créée en 1999, il en est actuellement le Président.